《文物保护工程管理办法》包括总则、立项与勘察设计、施工监理与验收、奖励与处罚、附则等共5章30条。据国家文物局介绍，《文物保护工程管理办法》是在文化部1986年发布的《纪念建筑、古建筑、石窟寺修缮工程管理办法》的基础上修改完成的，新办法扩大了原有办法的适用范围，增加了古遗址、古墓葬的保护工程，包括了文物保护单位的所有类别；在坚持不改变文物原状的原则基础上，进一步明确了文物保护工程的目的是全面地保存、延续文物历史信息与价值，保护文物本体及与之相关的历史、人文和自然环境；明确了文物保护工程既包括对文物的修缮，也包括文物迁移和附加的文物保护设施。此外，新办法对“文物复建”工程加强了控制和管理，还首次明确国家将设立文物保护优秀工程奖。除对施工提出要求外，新办法还特别强调了工程监理和验收。

1986年发布的《纪念建筑、古建筑、石窟寺修缮工程管理办法》，对文物保护工程的管理工作做了较为详细的规定，确立了“不改变原状”的文物保护维修科学原则、比较合理的文物修缮工程分类，以及合乎我国国情的分级管理方法。但随着我国文物保护工程规模的进一步扩大，文物保护维修理论研究的不断深入，以及相关法律、法规的纷纷出台，原有管理办法的有些规定已不适应新的体制要求。新出台的《文物保护工程管理办法》在制订过程中经过专家反复研讨、论证和征求各省、自治区、直辖市文物行政管理部门的意见。